تجارت الکترونیکی صرف نظر از بسیاری مزایا، محدودیت های فنی و غیرفنی هم دارد که میزان پذیرش و رشد آن را کاهش می دهند. محدودیت ها را می توان در دو طبقه فنی و غیرفنی تقسیم بندی کرد. برخی از این محدودیت ها که در سال های اخیر عامل شکست بسیاری از طرح های تجارت الکترونیک و شرکت های دات کام بوده اند. با گذشت زمان محدودیت های فنی کاهش یافته و یا از بین می روند. به علاوه طراحی مناسب می تواند اثرات برخی از آنها را کاهش دهد. علیرغم محدودیت ها و ناکامی ها، تجارت الکترونیک رشد بسیار سریعی داشته است. همچنین گونه های مختلف تجارت موسسه با موسسه دولت الکترونیکی موسسه با مشتری در حال افزایش هستند. با افزایش تجربه و پیشرفت تکنولوژی، مزایا و محاسن تجارت الکترونیک نسبت به هزینه اش رو به افزایش است و منجر به پذیرش بیشتر آن در آینده خواهد شد.

محدودیت های تجارت الکترونیک را به دو گروه فنی و غیرفنی تقسیم می کنیم:
الف- محدودیت های فنی
– فقدان استانداردهای پذیرفته شده جهانی در زمینه کیفیت، امنیت و قابل اطمینان
– ناکافی بودن پهنای باند ارتباطات راه دور.
– ابزارهای توسعه نرم افزارهای مختلف و در حال توسعه.
– مشکلات هماهنگ سازی و یکپارچه ساختن نرم افزارهای تجارت الکترونیک و اینترنت با برنامه ها و پایگاه داده های موجود.
– نیاز به سرور وب خاص علاوه بر سرورهای شبکه.
– دسترسی پرهزینه و پردردسر به اینترنت برای بسیاری از مشتریان.
ب- محدودیت های غیرفنی
– موارد قانونی لاینحل
– فقدان مقررات دولتی، ملی و بین المللی و استانداردهای صنعتی.
– فقدان روش های معتبر اندازه گیری منابع حاصل از تجارت الکترونیک.
– بسیاری از خریداران و فروشندگان قبل از درگیر شدن در تجارت الکترونیک منتظر تثبیت و جا افتادن آن هستند.
– مقاومت مشتریان در برابر تغییر فروشگاه های واقعی به مجازی. مردم هنوز به تعاملات بدون کاغذ و غیرحضوری اعتماد کامل ندارند.
– درک عمومی از این مساله که تجارت الکترونیک پرهزینه و نامطمئن است.
– تعداد خریداران و فروشندگانی که به عملیات تجارت الکترونیک و سودآوری آن روی می آورند، نسبت به حجم آنها زیاد نیست.